首先，要把握住全息拓扑学概念性的东西（不要连概念都没有搞清楚，就胡乱联想、胡乱下定论），要把握住“全息”究竟是指一种什么样的现象，拓扑学又是一种什么样的分析方法。
第二，要知道全息拓扑学研究的是自然界中的一种规律性，一种在自然界和人类社会中都存在着的现象的规律性，不是凭空造出来的理论。虽然我们把这种现象的规律性用形式体系的方法总结归纳成为一种形式系统，一种有着严谨定义、严格论证的形式系统，但是它的本源是在真实的现实世界之中，不是凭空想象。如果脱离了这一个根本，全息拓扑学就成了无源之水、无本之木。可以说，本书中所有的内容都可以在现实世界中找到它的对应物，只不过有些对应比较直接、清晰、明显一些，有些比较间接、含蓄、概括一些。研究的目的就是将前人还没有完全归纳出来的东西总结出来，找到它的规律性，并上升为理论。
所以，在理解和研究全息拓扑学的时候，一定要先想想在自然界中、人类社会中有那些现象和规律是与全息拓扑学理论的论述中是一致的，是理论的样板，这是一个研究的捷径。当然，现实世界中的样板有着它的不精确性，受到多种因素的影响，这是与严格定义出来的纯化了的形式体系是有本质区别的。因此，要设法排除样板中非主流因素的影响，而把关键性的因素提纯出来，这是有很大难度的；但是，现实世界中的样板是本源，是最根本的，是绝对不能脱离的；脱离了它，路就走偏了。同时，形式体系也有它刻板僵化的一面，有它的适用范围，不能不分时间地点一概而论，因此，形式体系必须要与现实世界最根本的东西对照起来研究。
没有本源，我们将一无所有，没有形式，我们将寸步难行！
第三，在研究问题时要做好从具体到抽象和从抽象到具体的转换，这样往往会举一反三，事半功倍。在探索性的研究中许多问题是没有现成的答案的，要靠自己去推敲、去研究，谁推敲出来就是谁的成果。
第四，不能死抠字眼，要把握概念。因为语言文字的描述与现实总是有差距的，死抠字眼就往往被字眼套住出不来了。文字的描述存在着概念的嵌套，嵌套层次多了，有一个地方没有理顺，又没有与现实世界的事物对应起来，就把自己给绕进去了，如果与现实世界的事物对应起来，很可能会在关键的地方能够绕出来（像量子力学，就是利用重正化的方法绕过发散困难），但同时又不能脱离定理、定义等文字描述所限定的基本条件，这两点可能很不好把握，要特别注意。
如果研究问题喜欢死抠字眼，那就建议不要再做开创性的基础理论研究了，资质不足不适宜做这方面的工作，做一些在利用前人的研究成果基础上的实际应用研究吧。否则浪费自己的时间和精力不算，时间长了，熬到了年头，有了地位，成为学阀，会阻碍新的重大科学理论的诞生，阻碍年轻的资质超群的学子成长，这在历史上不是没有先例的。
第五，心态要端正，既然要学习和研究，就要有一种兴趣感，就不要老想着研究以外的事情，特别是名利上的事情，一想就想歪了，自己连门还没有入，就想着怎样去批判别人，怎样去打击损害别人来抬高自己，来出名。科学界的快速成名法就是去靠打击别人来成名。当然，这要与探讨、争辩问题时的观点、认识的争论相区别，正常的争论是有针对性的，仅仅针对对方的某一个观点或论据，而不是针对人。双方的目的都是为了追求真理，而不是用语言压倒对方。
另外，其它的什么使命感、任务感、成就感、名利感等，在真正的科学前沿研究中都是一种腐蚀剂，容易走偏，是学术作假的源头。像使命感看上去很伟大，但只能在具体的应用研究领域起作用，必须在别人已经研究成功的基础上进行，在创造性的基础研究中往往会形成一种先入为主的很不客观的思维方式，反而会干扰自己的思路。
兴趣感，这是一种最好的动力，也是科学研究中最好的品质。创造性的基础理论研究是一种高度复杂的脑力劳动工作，其中的最关键之处在灵感，是可遇而不可求的，需要大脑能够发挥出它最大的能力，不是下个指标就可以解决问题的。而兴趣感是一种最放松的心态，纯粹是为了探索科学，成也罢，败也罢，都是一种兴趣使然，不再有其它；这时，没有了负担和干扰，大脑才能发挥最大的潜能，才能客观地观察和看待一切事物。
第六，自己不理解的东西不一定就是错的，要多方面考证，多方面研究是否有更好的方法和结论，论证要有证据，不能胡乱下定论。知识缺乏并不是错，知识浅薄却又拿大话、拿帽子压人才是错。
第七，任何研究，甚至就是开创性的基础研究也都是在别人研究的基础上进行的。要客观地评价前人所做的工作，承认别人的研究成果的阶段性，不要动不动就批判，不能乱扣帽子，乱打棍子。对明显错误的，只要不是有意作假，也要对事不对人；因为时代在发展，认识也在不断发展，任何时期对科学的认识都有时代的局限性，总是要发展的。这种局限性是客观存在的，与世界观、与人品无关，要允许别人根据事实来修正自己的观点。
第八，科学上、学术上的问题有它的特殊性，不是靠学术民主，更不是靠学术霸权，而是在学术自由的宽舒环境下，通过事实对科学理论、学术观点进行验证。特别是在自然科学方面，绝对要禁止乱给别人扣政治帽子，乱贴政治标签。
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